Biologik tozalash jarayonlari reaktsiya tizimida barqaror mikrobial muhitni talab qiladi. Bu odatda organik moddalar va ammiak azotining etarli darajada degradatsiyasini ta'minlash uchun yuqori loy konsentratsiyasini (MLSS) va tegishli loyni ushlab turish vaqtini (SRT) saqlashni talab qiladi. Bir vaqtning o'zida mikrobial faollikka va umumiy davolash samaradorligiga salbiy ta'sir ko'rsatishi mumkin bo'lgan ortiqcha zarba yuklarini oldini olish uchun ta'sir etuvchi sifati imkon qadar muvozanatli bo'lishi kerak.
Membrananing ishlash jarayonlari transmembran bosim farqini (TMP) va membrana oqimini qattiq nazorat qilishni talab qiladi. Membrananing ifloslanishini baholash uchun TMP o'zgarishlarini real vaqt-monitor qilish bilan, odatda, ish paytida doimiy oqim yoki doimiy bosim qo'llaniladi. Agar bosim oshsa yoki oqim kamaysa, membrananing ishlashini tiklash va qaytarilmas ifloslanishni oldini olish uchun o'z vaqtida qayta yuvish yoki kimyoviy tozalash kerak.
Membranning ifloslanishini nazorat qilish shamollatish va gidravlik sharoitlar uchun maxsus talablarga ega. Shamollatish tizimi membrana yuzasida loy cho'kmasini kamaytirish uchun doimiy ravishda etarli kesish kuchini ta'minlashi kerak; bir vaqtning o'zida haddan tashqari loy to'planishi yoki tizim yukining nomutanosibligini oldini olish uchun gidravlik ushlab turish vaqti (HRT) va qaytish nisbati tegishli ravishda nazorat qilinishi kerak. Umuman olganda, membrana bioreaktorining texnologik talablari tizimning muvozanatli ishlashi va aniq nazoratni ta'kidlaydi, bu esa barqaror oqava suv va uzoq muddatli -faoliyatga erishish uchun kalit hisoblanadi.